Umanista e scienziato, dovette lasciare l'Olanda protestante perché cattolico. In Italia si laureò anche in medicina e diventò amico di Federico Cesi; con lui e altri due sodali fondò nel 1603 l'Accademia dei Lincei, nella cui nascita ed organizzazione ebbe un ruolo fondamentale. Assunse il soprannome di illuminatus e il motto a patre luminum ad indicare che la sua elevata e varia cultura era alimentata da una luce divina. Dal 1604 dovette peregrinare per l'Italia in fuga da una denuncia al Santo Uffizio per stregoneria, mossa dal padre del Cesi.
Scrisse opere di argomento moralistico ed altre che uniscono medicina, astrologia e magia.
Incerti sono luogo e data di morte, forse legata ad episodi di follia cui accenna anche un verbale dell'Accademia datato 24/3/1616.

Nome e cognome si presentano in diverse grafie, anche latinizzati in Johannes Heckius e italianizzati in Giovanni Ecchio.
La scritta è inserita nella pavimentazione della piazza dove sorge il palazzo Cesi.