Quando Napoleone dall'esilio dell'Elba tornò a Parigi e gli Stati europei si coalizzarono nuovamente contro di lui, il re di Napoli Murat si schierò al suo fianco e attraversò l'Italia centrale per affrontare gli austriaci oltre il Po; nelle città da lui occupate provvide a cambiare amministratori e funzionari; il marchese Canonici venne nominato podestà a Ferrara. Poco dopo, quando la sconfitta di Murat rimise in piedi il dominio pontificio appoggiato da guarnigioni militari austriache, Canonici, come molti altri, fu arrestato e condannato; poté tornare libero solo in seguito ad una generale amnistia concessa da Pio VII. Ma la sua passione liberale non era esitinta e aderì ad una "vendita" carbonara che teneva rapporti con i cospiratori veneti. Nel 1820 ci furono delazioni e venne nuovamente arrestato; processato, ebbe la condanna a morte commutata in dieci anni di carcere duro, a Lubiana. Ne scontò cinque e fu liberato per intercessione di papa Gregorio XVI. Nel 1833 scrisse una memoria apologetica, Un tratto della mia vita, pubblicata nel 1848. In quell'anno fu eletto dai ferraresi al Consiglio dei deputati, nuovo organismo introdotto dalle riforme istituzionali di Pio IX.