Fu medico alla corte del duca di Urbino, poi protomedico nella Roma pontificia, dove fece importanti studi di anatomia poiché ebbe la concessione di sezionare cadaveri dei deceduti negli ospedali. Disegnò le Tabulae anatomicae (1552), pubblicate solo nel 1714. Nello studio sulla conformazione dell'organo uditivo, De auditus organis (1562), illustrò il canale che da lui prese il nome di tromba di Eustachio.
È incerto l'anno di nascita: alcuni lo posticipano addirittura di 10 anni.