La chiesa venne iniziata nel 1540 e completata nel 1581; pesantemente danneggiata da un terremoto nel 1624, venne ricostruita nel 1629 (data indicata sotto la lunetta con una grafia insolita).
(Testo)
IL POPOLO DI S.GIOVANNI ROTONDO INFIAMMATO DI IDEALI FRANCESCANI NEL XVI° SECOLO EDIFICO’ QUESTA DIMORA PER I FRATI CAPPUCCINI E LA CHIESETTA CHE DEDICO’ A MARIA SANTISSIMA DELLE GRAZIE DIVINA PATRONA DELLA CITTA’ IL 1916 LA PROVVIDENZA VI DESTINO’ PADRE PIO DA PIETRELCINA LA CHIESETTA E’ DIVENUTA FARO DI LUCE ALLE GENTI LA MONTAGNA OASI DI OPERE MIRABILI A GLORIA DEL SIGNORE, A SOLLIEVO DELL’UMANITA’ IL 10 AGOSTO 1960 IL COMUNE DI S.GIOVANNI ROTONDO FIERO DELLE TRADIZIONI AVITE MEMORE E GRATO IN RICORRENZA DEL SUO GIUBILEO D’ORO SACERDOTALE RINNOVA CON IMMUTATO ARDORE PERENNE DEVOZIONE AL PADRE AMATISSIMO
(sotto la lunetta della porta a sinistra) X AG. 1935 MARIA MATER GRATIAE ORA PRO NOBIS + AN. XIII
TEMPLUM HOC SANTAE MARIAE GRATIAR. DICATÛ REEDIFICATÛ FUIT AÑO DÑI M.6.29