Fu il primogenito di Pier Luigi Farnese, primo duca di Parma, che era nato da Alessandro Farnese senior prima che prendesse gli ordini sacri; e il nonno, appena eletto papa, lo nominò cardinale, quando aveva solo 14 anni. Ebbe diversi incarichi amministrativi, fra cui la legatura perpetua di Avignone. Patrono delle arti, diede incarico al Vignola di costruire il Palazzo Farnese di Caprarola (Vt).

Qui è ricordato perché finanziò la costruzione della chiesa del Gesù (1575), voluta già nel 1551 da S.Ignazio di Loyola.